Während der Maßnahme ist das Leitungsteam für die Gruppe und die Organisation vor Ort zuständig. Dazu zählt vor allem die Betreuungsfunktion aber auch Teambesprechungen (1-mal am Tag) sowie die Kommunikation mit der Unterkunft. Außerdem kümmert sich das Leitungsteam um administrative Aufgaben wie Belege und Unterschriften sammeln, damit alle Voraussetzungen für die Förderung der Begegnung erfüllt sind. Teilnehmerliste (vorgegebenes Formular der Förderprogramme) ausfüllen und unterschreiben lassen (Achtung: auf Vollständigkeit achten!)

Um bei der Durchführung der Begegnung einen intensiven und nachhaltigen Kontakt zwischen den Jugendlichen zu ermöglichen, sollten die Programmpunkte so gewählt werden, dass sie ein gegenseitiges Kennenlernen ermöglichen. Der Start der Jugendbegegnung (Begrüßungssituation und Kennenlernphase) sollte daher genau geplant sein und nicht dem Zufall überlassen werden. Er sollte Gemeinschaft gewährleisten bzw. zuträgliche Atmosphäre für ein offenes und gemeinsames Miteinander schaffen. 
Es sind Verhaltensregeln (inkl. möglicher Konsequenzen) für die gemeinsame Zeit festzulegen und zu besprechen. Die Aufteilung der Jugendlichen (auf Räume oder Familien) sollte begleitet werden.
Bei der Durchführung des Programms sollte ein reflektierter Austausch über kulturelle Besonderheiten bewusst eingeplant werden. Bei Bedarf müssen Methoden des Konfliktmanagements angewandt werden. Reflexionsphasen im Leitungsteam und mit den Teilnehmenden, z.B. zu kulturellen und gruppendynamischen Fragestellungen (in der eigenen Gruppe oder in gemischter Gruppe) sollten immer ausreichend Platz bei der Durchführung finden. 

Es empfiehlt sich, das Austauschprogramm während der Durchführung zu dokumentieren.